Карта глубин озера Мергубское

Форма озера продолговатая, вытянутая с северо-запада на юго-восток. Берега сильно изрезанные, с множеством заливов и полуостровов, каменисто-песчаные, местами болотистые.
С юго-востока в озеро тремя протоками втекают воды озёр Тикша, Аккаярви и Пизма . Также с юго-востока впадает небольшой ручей Курдас, вытекающий из одноимённого озера.